HIV-1整合酶与L708,906抑制剂结合模式及运动性的研究

摘要：

前期工作已用分子对接方法获得了HIV-1整合酶与L708,906抑制剂分子的复合物模型(IN_L708,906),现从距离、能量和氢键三个方面详细地分析了IN_L708,906模型中的关键残基.结果表明,复合物模型与蛋白质晶体库中整合酶(IN)与5CITEP的结合模式相近.用主成分分析和动力学交叉相关图方法分别研究了IN_L708,906复合物模型和IN单体的运动模式及相关性差异.计算结果显示,L708,906抑制剂的结合使得IN功能loop区残基柔性下降、分子规律性运动的丧失及集团运动相关性的无序增加,这些可能是酶活性下降的主要因素.模拟结果将有利于基于芳香二酮酸类的抗HIV药物设计.

关键词：整合酶、L708、906、运动模式、运动相关性、药物设计

所属期刊栏目：38

分类号：O641;Q7(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：四川省教育厅项目;四川省中医药局科技专项

在线出版日期：2011-07-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：338-346