基于功能域组分的蛋白质折叠类型识别

摘要：

蛋白质空间结构研究是分子生物学、细胞生物学、生物化学以及药物设计等领域的重要课题.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,对折叠类型的识别是蛋白质序列与结构关系研究的重要内容.选取LIFCA数据库中样本量较大的53种折叠类型,应用功能域组分方法进行折叠识别.将Astral 1.65中序列一致性小于95%的样本作为检验集,全库检验结果中平均敏感性为96.42%,特异性为99.91%,马修相关系数(MCC)为 0.91,各项统计结果表明:功能域组分方法可以很好地应用在蛋白质折叠识别中,LIFCA相对简单的分类规则可以很好地集中蛋白质的人部分功能特性,反映了结构与功能的对应关系.

关键词：折叠类型、折叠识别、功能域、LIFCA数据库

所属期刊栏目：38

分类号：Q615;Q51;O629(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金;北京市自然科学基金

在线出版日期：2011-04-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：166-172