从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率

摘要：

蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被提及.采用伪氨基酸组成的方法提取氨基酸的序列顺序信息,利用蒙特卡洛方法选择最佳特征因子,建立线性回归模型进行折叠速率预测.该方法能在不需要任何(显示)结构信息的情况下,直接从蛋白质的氨基酸序列出发对折叠速率进行预测.在Jackknife交互检验方法的验证下,对含有99个蛋白质的数据集,发现折叠速率的预测值与实验值有很好的相关性,相关系数能达到0.81,预测误差仅为2.54.这一精度明显优于其他基于序列的方法,充分说明蛋白质的序列顺序信息是影响蛋白质折叠速率的重要因素.

关键词：蛋白质折叠、折叠速率预测、伪氨基酸组成、蒙特卡罗方法

所属期刊栏目：37

分类号：Q612;Q51;Q811.4(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金

在线出版日期：2011-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1331-1338