基于量子进化算法的RNA序列-结构比对

摘要：

多序列比对是计算分子生物学的经典问题,也是许多生物学研究的重要基础步骤.RNA作为生物大分子的一种,不同于蛋白质和DNA,其二级结构在进化过程中比初级序列更保守,因此要求在RNA序列比对中不仅要考虑序列信息,更要着重考虑二级结构信息.提出了一种基于量子进化算法的RNA多序列-结构比对程序,对RNA序列进行了量子编码,设计了考虑进结构信息的全交叉算子,提出了适合于进行RNA序列-结构比对的适应度函数,克服了传统进化算法收敛速度慢和早熟问题.在标准数据库上的测试,证实了方法的有效性.

关键词：RNA多序列、结构比对、二级结构、量子进化算法、全交叉算子、适应度函数

所属期刊栏目：36

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2009-11-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1222-1228