基于组合探针识别的大规模细菌分类16SrRNA基因芯片设计

摘要：

随着16 SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针.在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的.因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的.每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率.然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的.提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法.

关键词：16SrRNA、基因芯片、组特异性探针

所属期刊栏目：36

分类号：Q61;Q93(理论生物物理学)

资助基金：国家高技术研究发展计划863资助项目2007AA02Z404;国家自然科学基金资助项目30800253;浙江省科技计划项目2008C13032-2.This work was supported by grants from Hi-Tech Research and Development Program of China2007AA02Z404;The National Natural Science Foundation of China30800253;Science and Technology Commission Foundation of Zhejiang Province China2008C13032-2

在线出版日期：2009-09-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1025-1034