k-gram方法识别microRNA前体

摘要：

MicroRNAs(miRNAs)是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码RNA序列.第一个miRNA是通过实验手段发现的,然而通过实验手段识别miRNA在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性.因此,miRNA基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足.提出了一个全新的miRNA前体的识别方法.在构造识别模型中,把初级序列和序列二级结构相结合,采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中,然后通过特征选取方法提取特征,并用这些特征为miRNA前体的识别构造了基于SVM的识别模型.同时,采用隐马尔可夫模型(HMM)的学习方法进行了比较.实验结果表明,该方法是有效的,可以达到较高的敏感性和特异性.

关键词：microRNA、基因识别、支持向量机、隐马尔可夫模型、microRNA前体

所属期刊栏目：34

分类号：R3(基础医学)

资助基金：国家自然科学基金30570425;国家重点基础研究发展计划973计划2003CB715903

在线出版日期：2007-03-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：154-161