用非联配方法预测人类转录调节模体

摘要：

通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcription regulatory k-mer motifs,TRKMs)的非联配快速算法--基于距离的保守k-mer搜索算法(distance-based conservative k-mer searching algorithm,DCKS algorithm).应用该算法,对人7-mer转录调节模体进行预测,预测结果敏感性为90%,特异性为78%,相关系数为0.65.

关键词：转录调节模体、非联配途径、基于距离的保守k-mer搜索算法、二次判别分析

所属期刊栏目：33

分类号：Q98(人类学)

资助基金：国家自然科学基金90403010

在线出版日期：2006-12-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1044-1050