基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究

摘要：

把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其Cα原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方法的蛋白质设计工作进行统一,采用了新的接触强度函数.选用蛋白质数据库中的天然蛋白质作为测试靶蛋白,结果表明,采用该模型和方法取得了较好的结果,预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0.30～0.70 nm之间.该工作为基于相对熵及HNP模型的蛋白质设计研究打下了基础.

关键词：氨基酸简化模型、相对熵、蛋白质折叠

所属期刊栏目：33

分类号：Q5(生物化学)

资助基金：中国科学院资助项目10574009;高等学校博士学科点专项科研项目20040005013

在线出版日期：2006-06-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：479-484