用生物信息学方法寻找肝癌特异性表达基因转录调控模式

摘要：

为了对肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristic genes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结合DNA启动子芯片(ChIP-chip)实验数据用SAEM算法进行分析,得到了肝癌特异性表达基因的转录调控关系,并寻找到了多个HNF家族转录因子调控单基因的转录调控模式.结果表明HNF家族转录因子对大量具有重要功能的肝癌特异性表达基因进行了转录调控,并且多个HNF家族转录因子调控单基因可以形成前馈环和多输入调控等模式.

关键词：转录因子、转录调控、基因表达谱、ChIP-chip实验、模式

所属期刊栏目：33

分类号：Q811.4(生物工程学(生物技术))

资助基金：中国科学院资助项目90303017;90408019;国家科技攻关项目2002AA234041;科技部科研项目2003CB715900

在线出版日期：2006-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：254-261