GoPipe:批量序列的Gene Ontology注释和统计分析

摘要：

随着后基因组时代的到来,批量的测序,特别是EST的测序,逐渐成为普通实验室的日常工作.这些新的序列往往需要进行批量的Gene Ontology(GO)的注释及随后的统计分析.但是目前除了Goblet以外,并没有软件适合对未知序列进行批量的GO注释,而GoBlet因为具有上载量的限制,以及仅仅利用BLAST作为预测工具,所以仍有许多不足之处.开发了一个软件包GoPipe,通过整合BLAST和InterProScan的结果来进行序列注释,并提供了进一步作统计比较的工具.主程序接收任意个BLAST和InterProScan的结果文件,并依次进行文本分析、数据整合、去除冗余、统计分析和显示等工作.还提供了统计的工具来比较不同输入对GO的分布来挖掘生物学意义.另外,在交集工作模式下,程序取InterProScan和BLAST结果的交集,在测试数据集中,其精确度达到99.1%,这大大超过了InterProScan本身对GO预测的精确度,而敏感度只是稍微下降.较高的精确度、较快的速度和较大的灵活性使它成为对未知序列进行批量Gene Ontology注释的理想的工具.上述软件包可以在网站(http://gopipe.fishgenome.org/)免费获得或者与作者联系获取.

关键词：Gene Ontology、功能基因组学、EST、BLAST、InterProScan、GOA

所属期刊栏目：32

分类号：Q811.4(生物工程学(生物技术))

资助基金：中国科学院资助项目30330080

在线出版日期：2005-03-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：187-191