T-DNA标签在转基因水稻基因组中的整合特点

摘要：

利用热不对称交错PCR(TAIL-PCR),对200个含T-DNA插入的转基因水稻株系进行分析,获得了159个T-DNA右边界侧翼序列.其中,92个序列含有T-DNA右边界和侧邻的水稻基因组序列,78个序列与已公布的水稻BAC/PAC克隆有97%～100%的同源性,从而可作为T-DNA标签定位在水稻的12条染色体上.结合先前定位的169个T-DNA标签,对T-DNA在水稻基因组中的整合特点进行了分析.结果发现,在T-DNA右边界和侧邻的水稻基因组序列的连接处,14.6%的T-DNA标签含有3～74bp的填充序列.在不含填充序列的连接处,21.3%的T-DNA标签,在整合后的T-DNA右边界与侧翼的水稻基因组序列之间显示出3～5 bp的微同源性.填充序列和微同源性的存在,揭示了T-DNA在水稻基因组中的整合既存在双链断裂修补机制,又存在单链裂缝修补机制.T-DNA倾向于整合到富含A/T核苷酸的基因组区域,即主要在基因的5'和3'端调控区以及内含子中.

关键词：水稻(Oryza sativa L.)基因组、T-DNA标签、整合特点

所属期刊栏目：31

分类号：Q7(分子生物学)

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2001AA225012;国家重点基础研究发展计划973计划TG2000016203

在线出版日期：2004-12-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：912-917