GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法

摘要：

针对基因功能分类体系Gene Ontology的层次结构特点,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发"挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合"软件(RuleGO).RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入,输出组合特征功能类与基因差异表达现象的关联规则,有助于解释基因差异表达现象的本质原因,如疾病发病机制、药物作用机理等.将RuleGO和OntoExpress应用在结肠癌和腺癌表达谱数据集上,结果显示,RuleGO比OntoExpress能发现更多的与差异表达现象关联的特征功能类,更能看到在OntoExpress上不能发现的组合特征功能类.另外,结果显示,将规则的置信度和支持度要求设置较高时,一般只有组合功能类才能满足要求,这提示在基因表达谱分析中不宜采用单个角度的单个功能分类单元,考虑功能分类单元的组合可能更有意义.

关键词：基因表达谱、差异表达、特征功能类、关联规则、Gene Ontology

所属期刊栏目：31

分类号：Q617(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金39970397,30170515;国家高技术研究发展计划863计划2002AA222052,2003AA2Z2051;黑龙江省科技攻关项目GB03C602-4;黑龙江省哈尔滨市科技攻关项目;黑龙江省自然科学基金F0177;国家"211"工程建设项目

在线出版日期：2004-09-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：705-711