隐半马氏模型在3'剪接位点识别中的应用

摘要：

新近的基因识别软件比先前的软件有着显著的提高,但是在外显子水平上的敏感性和特异性仍然不十分令人满意.这是因为已有软件对于剪接位点,翻译起始等生物信号位点的识别还不够有效.如果能够分别提高这些生物信号位点的识别效果,就能够提高整体的基因识别效率.隐半马氏模型能够很好地刻画3'剪接位点(acceptor)的结构.据此开发的一套对acceptor进行识别的算法在Burset/Guigo的数据集上经过检验,获得了比已有算法更好的识别率.该模型的成功还使得我们对剪接点上游的分支位点和嘧啶富含区的概貌有了一定的认识,加深了人们对于acceptor的结构和剪接过程的理解.

关键词：隐半马氏模型、剪接、真核生物基因结构预测、EM算法

所属期刊栏目：31

分类号：Q612(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金90208002,10271008;国家高技术研究发展计划863计划2002AA234011;国家重点基础研究发展计划973计划2003CB715903

在线出版日期：2004-06-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：455-458