Shotgun法测序制备高纯度水滔基因组DNA的方法探讨

摘要：

在用散弹(shotgun)法测定水稻(Oryza sativa L.ssp. indica)基因组全序列的过程中,叶绿体和线粒体DNA的污染问题非常严峻.应用脉冲场电泳(PFGE)技术对水稻基因组DNA进行纯化,结果表明它能够有效去除叶绿体和线粒体DNA,使其污染率从3%降低到0.2%. 同时,比较了水稻绿苗和黄化苗的DNA得率,以及HB法和NIB法制备大分子质量(HMW)DNA的异同.最后提出一套制备水稻基因组DNA的方法,包括黄化苗培养; 细胞核的分离、包埋和裂解;脉冲场电泳纯化、回收聚集在低熔点(LMP)胶中的水稻HMW DNA.用该方法所得的水稻基因组DNA,纯度高(无叶绿体和线粒体DNA污染)、基因组完整(机械剪切和降解少)、回收率高(操作过程中DNA损失少). 另外,首次报道在融化的低熔点(LMP)胶中对水稻HMW DNA于38℃进行超声波处理,能够获得用于shotgun文库和梯度文库构建所需要的各种DNA片段(1.5～3 kb, 3～12 kb),并且效果优于在TE中进行操作.

关键词：Shotgun测序、水稻、基因组DNA

所属期刊栏目：30

分类号：Q94(植物学)

在线出版日期：2003-12-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：744-748