蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算

摘要：

介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法.通过分子转换法,使蛋白质分子(包括水分子)与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强)至完全消失(或完全出现). 运用体约束方法,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化.以胰蛋白酶双突变体(D189G/G226D)与极性配体苯甲脒为例,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响,该复合物绝对结合自由能的模拟结果(-15.5 kJ/mol)与实验值(-10.5 kJ/mol)相近.

关键词：分子转换法、热力学积分法、蛋白质-配体复合物、结合自由能

所属期刊栏目：30

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金29992590-2,30170230,10174005;北京市自然科学基金5032002

在线出版日期：2004-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：143-146