DNA聚合酶与引物/模板的相互作用对PCR效率的影响

摘要：

PCR是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否.传统的PCR引物设计软件基本上忽略了DNA聚合酶与引物/模板的亲和性对PCR效率的影响.为揭示DNA聚合酶与引物/模板的相互作用是否对PCR的效率有影响,通过构建TaqDNA聚合酶与不同序列引物/模板DNA相互作用的三维结构模型,采用MM/GBSA方法计算复合物的结合自由能,以结合自由能为参数,为人血清白蛋白基因(Human Serum Albumin gene,HSAgene)和结核杆菌pyrF基因(Mycobacterium tuberculosis pyrF gene)设计了PCR引物.PCR实验结果表明,引物的PCR效率与结合自由能相关:引物与聚合酶的结合自由能越低,PCR实验的效率相对越高.这说明DNA聚合酶与引物/模板的相互作用对PCR效率有重要影响.因此,引物/模板DNA与聚合酶的结合自由能可以作为PCR引物设计的新参数.

关键词：PCR、DNA聚合酶、引物设计、结合自由能、分子建模

所属期刊栏目：34

分类号：Q819(生物工程学(生物技术))

在线出版日期：2014-06-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：6-13