比较不同DNA条形码对中国海岸带耐盐植物的识别率

摘要：

海岸带耐盐植物是一个生态和经济价值独特的庞杂类群,人们对其DNA条形码特性的了解甚少.本文对我国从辽宁到海南10个沿海省(市)大陆及岛屿海岸带耐盐植物广泛采样,从采集获得的样品中筛选出53科97属116个物种共562个样品进行DNA条形码研究.对3个叶绿体片段(matK、rbcL、trnH-psbA)和1个核基因片段(ITS)进行了扩增和测序,统计各个片段的引物通用性和序列获得率,并检验了物种识别率.从序列获得率来看,matK和trnH-psbA片段表现最好,ITS较差,ITS和matK的引物通用性比其他2个片段差.序列相似性分析表明,单个片段ITS物种识别率最高(73.36％),其次为matK (64.03％)和trnH-psbA (61.21％),rbcL的物种识别率最低,仅为46.41％.系统发育树分析显示matK的物种识别率最高(82.3％),依据trnH-psbA片段难以获得可靠的系统发育树.多维度非度量分析(non-metric multidimensional scaling,NMDS)表明在进行海岸带区域性植物的DNA条形码研究时,叶绿体片段和核基因片段均应该考虑.综合上述研究结果,推荐联合片段ITS+ matK作为中国海岸带耐盐植物DNA条形码.本文为海岸带耐盐植物研究提供了总计1,939条DNA条形码基础数据,为构建耐盐植物DNA条形码数据库奠定了基础.

关键词：DNA条形码、海岸带、耐盐植物、物种识别率、ITS、matK

所属期刊栏目：25

分类号：TP3;TS2

资助基金：科技部科技基础性工作专项2014FY130300

在线出版日期：2017-12-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1095-1104