基于生物数据挖掘分析PTX3在非小细胞肺癌中的表达及其与预后的关系

摘要：

目的:探讨正五聚素蛋白3(PTX3)在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达及预后意义.方法:运用Oncomine、GEPIA分析PTX3在NSCLC组织中的表达情况,通过GEPIA分析PTX3表达与NSCLC患者生存期的相关性,利用CCLE分析PTX3在NSCLC细胞系中的表达水平,从CCLE下载NSCLC相关基因芯片并用R语言筛选PTX3共表达基因,利用基因本体(GO)和KEGG信号通路分析对PTX3相关共表达基因进行功能注释.结果:Oncomine和GEPIA数据库中分析显示PTX3基因在NSCLC组织中显著低表达(P＜0.05);利用GEPIA数据库生存分析功能发现,PTX3高表达与NSCLC预后呈负相关(P＜0.05);在CCLE数据库里利用R软件共筛选出105个NSCLC中与PTX3共表达的基因,GO功能富集分析表明,PTX3相关性蛋白主要定位于黏着斑、细胞-基质黏着连接及细胞间连接等,主要参与细胞外基质、细胞外结缔组织、细胞-基质粘附及上皮细胞发育等生物过程.KEGG分析显示PTX3共表达基因主要参与紧密连接、调节肌动蛋白骨架及JAK-STAT信号通路等.结论:PTX3基因在NSCLC组织中低表达,PTX3表达与NSCLC患者预后相关,可能作为NSCLC患者预后评估的分子标志物之一.

关键词：非小细胞肺癌、PTX3、预后、数据挖掘、GEPIA

所属期刊栏目：22

分类号：R734.2(肿瘤学)

资助基金：江苏省人社厅第十四批六大人才高峰高层次人才项目WSN-121

在线出版日期：2022-04-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：707-712