二代测序应用于检测GT1-7细胞中KISS1和GnRH启动子的DNA甲基化状态的研究

摘要：

目的:利用二代测序技术检测GT1-7细胞中KISS1和GnRH基因启动子范围内的甲基化状态,并用金标准的亚硫酸氢盐修饰后的克隆测序作为对照,比较二代测序与金标准克隆测序在研究DNA甲基化检测中的差别.方法:提取GT1-7细胞基因组DNA并进行亚硫酸氢盐处理.进行巢式PCR,将PCR产物进行二代测序.同时采用金标准的亚硫酸氢盐修饰后克隆测序的方法作为对照,对相同批次的PCR产物进行克隆测序.结果:PCR产物二代测序结果表明KISS1和GnRH两个基因的27个CpG甲基化位点信息完整,结果准确.挑取10个克隆进行一代测序结果表明序列无丢失,KISS1和GnRH两个基因的27个CpG甲基化位点信息完整.结论:利用高通量的二代测序技术能够有效的对DNA甲基化的PCR产物进行检测,二代测序和克隆测序都是研究DNA甲基化的有效方法,但前者与克隆测序相比每一个读取序列(reads)都相当于一个单克隆,且二代测序每个区段得到成百上千个reads,因此二代测序结果更加精确.

关键词：GT1-7细胞、启动子甲基化、二代测序、克隆测序

所属期刊栏目：17

分类号：Q78;R446(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金面上项目31371257;上海市科学技术委员会项目12140900404,13140900300,15140900500

在线出版日期：2018-01-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：5607-5610