miR-29a靶基因预测及其相关生物信息学分析

摘要：

目的:通过对miR-29a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为miR-29a靶基因的实验验证提供数据支持,以期为深入研究miR-29a的生物学功能和调控机制提供理论指导.方法:利用PubMed检索miR-29a相关文章,通过miRBase在线工具分析miR-29a序列.应用TargetScan及miRNAda两种计算方法预测miR-29a靶基因并取其交集作为分析的基因集合,分别进行基因本体(gene ontology,GO)中的分子功能和生物学过程以及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析.结果:(1)miR-29a序列在多物种间具有高度保守性.(2)两种方法预测miR-29a靶基因交集共191个.(3)miR-29a靶基因GO分子功能集中于转录因子活性、DNA结合和钙离子结合等(P＜0.05);miR-29a靶基因GO生物学过程集中于调控转录、细胞粘附、细胞增殖与凋亡等(P＜0.05);KEGG生物通路主要富集于PI3K-AKT信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路和胰岛素信号通路等信号转导通路,以及肺小细胞癌和子宫内膜癌等疾病通路(P＜0.05).结论:miR-29a可能通过参与多个靶基因信号通路的调控,在机体的多种生理病理过程中发挥重要作用,是一个颇有研究价值的生物学靶标.

关键词：miR-29a、靶基因、基因本体、信号通路、生物信息学

所属期刊栏目：14

分类号：R-058;Q75(一般理论)

资助基金：国家自然科学基金项目81300654

在线出版日期：2015-01-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：6340-6344