焦磷酸测序测定SNP的常见问题与解决方法

摘要：

目的:探讨焦磷酸测序技术对单核苷酸多态性分型因测序图谱中存在的一些典型问题而导致分型结果不准确的解决方法.方法:以VKORCl基因1639 G＞A位点、CYP2C19基因636 G＞A位点及UGT1A1基因TA重复序列(TA)6＞(TA)7的多态性检测为例,分别采用优化PCR条件、改变测序时dNTP的加入顺序以及设立外标校正的方法来解决上述问题,从而提高焦测序对SNP分型的准确性.结果:通过升高PCR退火温度,可以显著提高VKORC1基因的扩增特异性,降低了测序图谱中非特异性信号峰强度;通过优化测序时dNTP的加入顺序,CYP2C 19基因636 G＞A位点的准确分型结果可通过观察测序图谱中相关信号峰的有无而简单获得,避免了比较信号峰的相对强度;通过比较待测样本与已知基因型的外标样本的测序图谱来确定待测样本的基因型,提高了对UGTlA1基因TA重复序列(TA)6＞(TA)7多态性的分型准确性.结论:本文针对焦测序在测定SNP时的常见问题所提出的相应解决方法不仅简单、经济有效,而且在临床应用方面具有可靠性.

关键词：焦磷酸测序、PCR、单核苷酸多态性

所属期刊栏目：14

分类号：Q78;R914(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金项目21005088;江苏省科技支撑计划社会发展项目BE2010604,BE2012744;中国博士后科学基金资助项目2012M512179,2013T60962

在线出版日期：2014-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：2219-2223,2254