基于进化足迹法结合位置打分函数的转录因子结合位点预测

摘要：

目的:预测转录因子结合位点.方法:本文从ABS数据库上下载了人类和啮齿类动物的直系同源的启动子序列,首先使用位置打分函数对这些启动子序列进行打分,找到候选的转录因子结合位点,并进一步利用进化足迹法对这些候选的转录因子结合位点进行筛选,只有结合位点同时出现在人类和啮齿类动物的启动子序列才认为是真正的结合位点.结果:在对人类和啮齿类动物进行转录因子结合位点预测时,与单独使用打分函数的结果相比,进化足迹法与打分函数结合的方法有效的提高了预测结果的性能,大幅度提供所得预测结果的特异性.结论:进化足迹法结合位置打分矩阵的方法能较为准确有效的预测转录因子结合位点.

关键词：进化足迹法、位置打分函数、特异性

所属期刊栏目：12

分类号：Q753;Q-33;Q61(分子遗传学)

资助基金：黑龙江省卫生厅项目2010-213

在线出版日期：2012-09-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：3725-3727,3793