耐辐射球菌转录因子DdrO的基因克隆与生物信息学分析

摘要：

目的:克隆耐辐射球菌ddrO基因,并时其进行生物信息学分析,预测其功能.方法:根据耐辐射球菌ddrO基因序列.由PrimerPremier5设计一对引物,以提取的耐辐射球菌基因组为模板,PCR扩增获得耐辐射球菌ddrO基因,序列测定并利用生物信息学软件对ddrO基因的理化性质、高级结构及生物学功能等进行分析与预测.结果:成功获得了ddlO基因.生物信息学分析发现,ddrO基因核苷酸序列长度为396bp,编码一个131aa组成的相对分子质量为14.993kD的预测的DdrO转录因子.核酸同源性搜索及比较分析仅在与耐辐射球菌同属的Deinococcusr geothermalis和Deinococcus deserti中发现高度相似的序列:蛋白同源性搜索发现一些与DdrO显著同源的蛋白,如Deide_20570(95%),Dgeo_0336(90%),Deide_3p02170(82%)等;结构域分析发现DdrO含有HTH (thelix-tnrn-henix)DNA结合结构域.结论:根据生物信息学结果预测DdrO蛋白可能具有转录调控作用.参与DNA修复和复制,在耐辐射球菌的DNA损伤修复过程中发挥一定作用.

关键词：耐辐射球菌、ddrO基因、基因克隆、生物信息学

所属期刊栏目：11

分类号：Q937.Q75.Q78(微生物学)

资助基金：国家自然科学基金30770647;湖南省自然科学基金08JJ3033;湖南省科技厅科技计划项目2010SK3036

在线出版日期：2011-07-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1037-1042,1071