高通量16S rRNA标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性

摘要：

收集人、大猪、小猪、大鼠、小鼠以及鸡五个不同个体的粪便样品,每个个体取两个平行样,提取总DNA;PCR扩增,获得16S rRNA V6标签片段;Illumina测序;经BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性.研究结果发现,不同物种之间肠道菌群差异较大.五类物种肠道菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门、以及变形菌门为主,但鸡的厚壁菌门显著减少,而变形菌门显著增加.从α多样性角度来看,猪肠道菌群种属丰富度及Shannon指数均显著高于人及鸡肠道菌群.从β多样性角度,尽管不同人之间的肠道菌群相似度较低,但不同物种之间相比较,小猪与大鼠肠道菌群与人相似性高于小鼠和鸡肠道菌群.与人类相比,小猪的肠道微生物组最相近,而鸡的肠道菌群相似度最低.

关键词：微生物组、Illumina测序、动物模型、微生物多样性、16S rRNA

所属期刊栏目：33

分类号：R372(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金面上项目31270152;广东省自然基金面上项目S2011010004136;广东省教育厅科研处科技创新项目2012KJCX0031;广州市“121人才梯队工程”后备人才项目

在线出版日期：2015-01-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：851-857