从公共数据库中利用数据挖掘的方法开发15条黄金鲈EST-SSR标记

摘要：

黄金鲈是美国中西部地区重要的淡水经济型鱼类.Type Ⅰ型标记对于比较作图和遗传学研究有相当重要的作用,但是黄金鲈的Type Ⅰ标记数量相当少.研究通过数据挖掘的方法从公共数据库中挖掘黄金鲈的Type Ⅰ型即EST-SSR标记.实验结果分析了21968条EST序列,约14.4％的序列包含不同类型的核心重复单元.CA重复是最丰富的二碱基重复单元.从中挑选62条包含SSR的EST序列设计引物,筛选得到15对多态的微卫星位点.群体遗传学参数显示15对EST-SSR位点的等位基因数范围为4-19(平均数为9),观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.103-0.929和0.116-0.934,有4个位点偏离HWE平衡.研究得到的EST-SSR标记适用于黄金鲈的群体遗传学和基因组作图研究.

关键词：黄金鲈、EST、微卫星、EST-SSR、基因注释

所属期刊栏目：42

分类号：Q173(水生生物学)

资助基金：National Institute of Food and Agriculture,U.S.Department of Agriculture 2009-38879-19835];National Nonprofit Institute Research Grant of Freshwater Fisheries Research Center2015JBFM39;Central Public-interest Scientific Institution Basal Research Fund,CAFS2017JBF0201

在线出版日期：2018-10-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1186-1193