基于SNP标记的短须裂腹鱼自然群体遗传多样性分析

摘要：

研究应用SLAF-seq技术开发了短须裂腹鱼(Schizothoraxwangchiachii)的SNP标记,并使用开发的SNP标记分析了野生种群的遗传多样性.结果显示实验中RsaⅠ-HaeⅢ的酶切效率为86.93%,共得到80.08 M reads.通过生物信息学分析, 共获得709758个SLAF标签, 其中多态性的SLAF标签共有243304个, 共得到777082个群体SNP, 测序平均Q30为94.79%, 平均GC含量为40.16%, 测得观测等位基因数为2.005, 期望等位基因数为1.5272, 观测杂合度为0.2007, 期望杂合度为0.3160, 平均遗传距离为0.1523, 遗传多样性指数为0.3386,香浓指数为0.4827,多态性信息含量(PIC)为0.2562,次要基因型频率(MAF)为0.2313,结果表明目前金沙江阿海至龙开口段短须裂腹鱼野生种群遗传多样性处于中等水平, 这和人为干扰有关.近年来短须裂腹鱼数量逐年减少, 研究短须裂腹鱼的遗传多样性对保护其种质资源起着重要的作用.

关键词：短须裂腹鱼、SNP标记、SLAF-seq、遗传多样性、自然群体

所属期刊栏目：42

分类号：Q145(生态学（生物生态学）)

资助基金：云南省重大科技专项2016ZA003;云南省珍稀濒危土著鱼收集驯养及种质资源库建设20151105560138资助[Supported by the major scientific and technological project of Yunnan provincethe project number is 2016ZA003;The collection and domestication of Yunnan rare and endangered indigenous fish and construction of genetic resources centerthe project number is 20151105560138]

在线出版日期：2018-05-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：271-276