文蛤HDAC1基因克隆、时空表达及生长相关SNP位点筛查

摘要：

为探索HDAC1基因在文蛤生长发育中的作用,研究通过已构建的文蛤转录组文库,利用SMART RACE技术扩增得到文蛤HDACl (Mm-HDACl)基因的cDNA全长序列,分析了其生物信息学、组织及发育阶段表达特征,并用直接测序法在外显子中筛查生长相关的SNP位点.结果显示,Mm-HDAC1基因的cDNA全长3065 bp,开放阅读框1599 bp,编码532个氨基酸;氨基酸序列比对发现,文蛤与其他物种同源性为74.3％-78.7％.荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明,Mm-HDAC1基因在文蛤6个组织中均有表达,其中外套膜中的表达量相对最高,并与其他组织间有极显著差异(P＜0.01);不同发育时期的表达差异结果表明,MmHDAC1基因在壳顶幼虫期表达量最高,显著高于其他发育时期p＜0.05).SNP位点筛查结果表明,在MmHDAC1基因的外显子区域发现了19个SNP位点,其中有3个SNP位点(627A＞T、924T＞C和1266T＞C)与文蛤生长相关.

关键词：文蛤、组蛋白去乙酰化酶1、cDNA、荧光定量、SNP

所属期刊栏目：40

分类号：Q785;S968.3(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金项目31372527;国家现代贝类产业技术体系项目CARS-48;浙江省重大科技专项2012C12907-4;国家水产种质资源平台项目2015DKA30470资助[Suppprted by National Natural Science Foundation of China31372527;Modern Agro-industry Technology Research SystermCARS-48;Zhejiang Major Program of Science and Technology2012C12907-4;National Infrastructure of Fishery Germplasm Resource Programme 2015DKA30470]

在线出版日期：2016-11-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：601-608