不同DGGE谱带信息提取方法对分析结果的影响
自1993年Muyzer,et al.[1]将变性梯度凝胶电泳技术(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)引入到微生物生态学研究以来,DGGE已被广泛应用于各种生态系统(如淡水、海洋、土壤、动物消化道等)的微生物群落结构分析[2-6].但对于DGGE凝胶的分析至今仍没有统一的方法,研究者主要采用凝胶条带的0/1矩阵、峰值矩阵或亮度矩阵对凝胶图谱进行分析[3,7,8].为了建立一种可靠的DGGE凝胶分析方法,我们以草鱼消化道细菌群落16S rDNA V3区的DGGE图谱为对象,比较了DGGE凝胶去泳道背景时的条带0/1矩阵、峰值矩阵和亮度矩阵在有效条带阈值分别设定为0、50和100时对分析结果的影响,评估并建立了一种重复性高、样本间相似性最稳定的DGGE凝胶分析方法.
变性梯度凝胶电泳、DNA指纹、微生物群落结构
36
Q-33(生物科学的研究方法与技术)
国家重点基础研究发展计划2009CB118705;国家自然科学基金30970358,31071896
2013-01-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共3页
1009-1011
