分子对接技术筛选菲律宾蛤仔抗炎肽

摘要：

基于分子对接技术筛选菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)来源的具有抗炎作用的活性肽.采用三氯乙酸-丙酮沉淀法提取菲律宾蛤仔蛋白质,通过双向凝胶电泳(2-dimensional electro phoresis,2-DE)技术和液质联用(LC-MS/MS)技术分离和鉴定其蛋白质,借助BIOPEP-UWM在线工具对主要蛋白进行虚拟酶解,使用Pep-tideRanker和ToxinPred等程序对肽段进行评分和理化性质分析;利用Discovery studio 2019 和AutoDock Vina软件进行分子对接筛选潜在抗炎肽片段,探讨人工合成抗炎肽对LPS诱导的RAW264.7 细胞炎症的改善作用.结果表明,原肌球蛋白和组蛋白为肌肉组织的主要蛋白质.选用原肌球蛋白作为底物,通过虚拟酶解和分子对接筛选出8 种潜在的新颖活性肽.其中DQTF与TLR2 和TLR4 分别存在 7 个氨基酸残基和8 个氨基酸残基结合位点,而GYTR与TLR2 分子中的10 个氨基酸残基和TLR4 分子中的 7 个氨基酸残基紧密结合(结合能均低于-5 kcal/mol),表明其是潜在的抗炎肽.活性验证结果表明,2 条合成寡肽均能显著增强RAW264.7 细胞活力(P<0.001),并显著降低细胞产NO能力(P<0.05),表现出良好的抗炎活性.综上,基于虚拟酶解和分子对接方法可用于筛选菲律宾蛤仔来源的抗炎肽.

关键词：菲律宾蛤仔、原肌球蛋白、虚拟酶解、分子对接、RAW264.7 细胞、抗炎寡肽

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分类号：TS201.21;R914.2;O657

资助基金：现代农业产业技术体系;广东海洋大学博士启动项目;广东省现代农业产业技术体系创新团队项目;广东省高等学校科技创新团队项目

在线出版日期：2023-08-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：144-151