肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体和gDNA标准物质的研制

摘要：

目的:为满足肠道集聚性大肠埃希氏菌准确检测的实验室质量控制和能力验证需求,研制具有我国自主知识产权且具有全基因组测序信息的均匀稳定的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质.方法:利用二代高通量测序技术对肠道集聚性大肠埃希氏菌(CMCC 44841)进行全基因组测序,明确CMCC 44841的种属、血清分型、多位点序列分型和毒力基因.对CMCC 44841进行astA、aggR、pic特征性基因聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)确认.采用冷冻干燥技术制备含量为103?CFU/样品的菌球和含量为20?ng/样品的gDNA小球.参照CNAS-GL017对20个菌球样品进行均匀性检验,采用单因素方差分析对结果进行统计分析.将样品分别于-20、4、25℃和37℃条件下保藏,对其贮藏稳定性和运输稳定性进行评价.组织3家实验室进行协同标定和验证.使用5种不同基质的即食食品样本,按照国标法检验标准物质的适用性.结果:利用生物信息学分析,CMCC44841基因组大小为5.057285?Mb,GC含量为50.6％,编码区基因5173个.种属鉴定结果为大肠埃希氏菌(Escherichia?coli),血清预测结果为O127:H21,MLST为ST40型,携带除aggR、astA、pic之外其他相关的毒力基因.PCR扩增出astA、aggR、pic片段大小分别为102、400?bp和1111?bp.菌体标准物质均匀性检验结果F=1.59,符合标准物质的要求.菌体和gDNA标准物质样品于-20?℃和4?℃保藏60 d,25?℃保藏7 d,37℃保藏5?d后仍然稳定.经3家实验室协同标定,菌体标准物质样品含量均为103?CFU/样品.20件不同基质的食品样品加入肠道集聚性大肠埃希氏菌标准物质进行检验,均可以检出.结论:本研究所制备的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质所用菌株来源于我国国内分离菌株,且具有明确的全基因组序列信息,均匀性和稳定性均符合要求,适用性良好,能够满足食品检测实验室的质量控制和能力验证的需求.

关键词：致泻大肠埃希氏菌;肠道集聚性大肠埃希氏菌;基因组DNA;标准物质;全基因组测序;毒力基因

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分类号：TS207.4;Q93-331(食品工业)

资助基金："十三五"国家重点研发计划重点专项2018YFC1604303

在线出版日期：2021-10-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：103-110