扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响

摘要：

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1～V2区、V3～V4区和V4～V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响.结果发现,扩增16S rRNA基因V4～V5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V1～V2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05).虽然扩增16S rRNA基因的V3～V4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05).在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V4～V5区.

关键词：鲊广椒、引物、扩增区域、MiSeq测序、细菌多样性

所属期刊栏目：40

分类号：TS201.3(食品工业)

资助基金：湖北文理学院教师科研能力培育基金项目2017kypy051

在线出版日期：2019-06-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：134-140