应用Illumina Miseq测序分析饮用水源水中病毒多样性

摘要：

以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因数据,可组装成5 554条scaffolds序列,获知病毒基因组功能,经比对可注释到尾噬菌体目(Caudovirales)、疱疹病毒目(Herpesvirales)、线状病毒目(Ligamenvirales),在科的水平上,注释到40个科病毒的同源序列,其中含量较高的病毒科为Microviridae占27.590 1％,Siphoviridae占23.010 7％,Phycodnaviridae占5.322 2％,Retroviridae占1.691 2％,Mimiviridae占1.960 8％,其中无法注释(norank)占21.572 8％,102 112条reads在科水平上norank,研究可以高通量的获得水源水中病毒多样性信息,并为水体中病毒的检测提供理论参考依据.

关键词：Illumina Miseq测序、饮用水源水、病毒、多样性

所属期刊栏目：39

分类号：Q939.9(微生物学)

资助基金：“十二五”国家科技重大专项2012ZX07403-001

在线出版日期：2018-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：287-292