基于ProteinGoggle2.0的组蛋白H4蛋白质变体的自上而下表征

摘要：

由于大量可能蛋白质变体以及每一个翻译后修饰大量可能位点的存在,核心组蛋白上密集的组合式翻译后修饰的自上而下表征一直是一个巨大的分析挑战.结合高分辨串级质谱,基于同位素质荷比和轮廓指纹比对的整体蛋白质数据库搜索引擎ProteinGoggle 2.0在组蛋白翻译后修饰的自上而下鉴定方面拥有诸多独特的优势.该文报道ProteinGoggle 2.0对HeLa核心组蛋白H4的数据库搜索及蛋白质变体的鉴定结果.基于从UniProt网站下载的人类核心组蛋白H4的纯文本文件和“鸟枪法”注释,ProteinGoggle 2.0首先创建包含所有可能蛋白质变体的理论数据库;从纯文本文件中提取的信息主要是氨基酸序列、可能的翻译后修饰(单甲基化、二甲基化、三甲基化、乙酰化和磷酸化)及氨基酸变异(A77→P).在控制质谱水平假阳性率低于1％的前提下,共鉴定到426个蛋白质变体,这是目前为止H4蛋白质变体的最全报道.这些ProteinGoggle 2.0鉴定到的H4蛋白质变体也与之前报道的ProSightPC 2.0的鉴定结果进行了肩并肩比较.总而言之,ProteinGoggle 2.0可以对具有复杂组合修饰及氨基酸变异的蛋白质组进行数据库搜索和蛋白质变体鉴定.

关键词：ProteinGoggle 2.0、自上而下、组蛋白H4、蛋白质变体

所属期刊栏目：34

分类号：O658(分析化学)

资助基金：National Natural Science Foundation of China21575104;China State Key Basic Research Program2013CB911203;Shanghai Science and Technology Commission14DZ2261100

在线出版日期：2017-02-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1254-1262