STR基因座TC比例与二代测序正反向深度关联研究

摘要：

目的 短串联重复序列(short tandem repeat,STR)遗传标记在人类个体识别、亲缘关系分析、动植物物种鉴定、农作物品种登记及杂交种纯度鉴定、临床疾病诊断等领域应用广泛.本团队在利用Illumina二代测序平台进行法医STR基因座靶向测序时,发现部分基因座正反向测序深度不平衡的现象,影响测序数据质量.本文通过研究不同STR基因座的重复区和扩增子区域中碱基含量与测序深度的关系,探究该现象的原因.方法 利用STRSeqTyper122二代测序STR分型试剂盒对70份无关个体的DNA样本进行STR基因座复合扩增和文库构建,使用MiSeq FGx平台进行测序,下机数据使用ForensicTyper软件进行分型和测序深度统计,随后分析测序深度与重复区和扩增子区域中碱基含量之间的关系.使用同样方法对前期发表的Ion PGM?平台STR测序数据进行分析.结果 分析117个STR基因座的测序深度发现,基因座正向测序深度占总测序深度的比例与扩增子区域的TC碱基占比紧密相关:扩增子中TC比例低于40％时,随着TC含量降低,正向测序深度占比有明显的升高趋势;扩增子中TC比例高于60％时,随着TC含量升高,正向测序深度占比有明显下降趋势.同样分析Ion Torrent平台70份样本的32个STR测序数据,未观察到类似现象.结论 MiSeq FGx平台在测序STR基因座时存在链偏好性,正反向测序深度与碱基TC比例密切相关.以上研究可为二代测序STR基因座选择、引物和扩增子设计、数据分析与解读提供重要参考,服务临床医学、法医学、植物学等领域应用.

关键词：测序深度、扩增子、二代测序、短串联重复序列、TC比例

所属期刊栏目：20

分类号：TP391;Q78-37;Q-31

资助基金：公安部科技强警基础工作专项项目;中央级公益性科研院所基本科研业务费项目

在线出版日期：2023-06-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：39-45