小RNA高通量测序数据分析方法

摘要：

本文应用Perl语言和MySQL数据库构建了小RNA高通量测序数据分析平台,以4个水稻数据集为分析对象,详细介绍了小RNA高通量测序数据的处理方法和流程.我们以MSU 6.1水稻基因组为参考,构建了该版本的全基因组结构及已知ncRNAs位点信息数据库,结合Perl脚本可以实现小RNA在基因组上的详细定位与统计,同时我们从数据库中提取已知pre-miRNAs表达特征,设计了一个新的miRNAs挖掘方法,该方法可以筛选出大量的新miRNAs,其中已知miRNAs命中率可以达到98％.针对水稻小RNA种类的多样性,我们对miRNAs和endo-siRNAs的鉴别也给予了探讨和说明.本文设计的高通量测序数据分析平台,方法简单高效,以数据库作为存储和查询媒介,能够实现多位点reads的分析,可以得到灵活多样的数据统计结果.依照本文的方法同样可以构建其他模式物种的小RNA数据分析平台,在高通量测序逐渐普及的将来,本文的方法对中小实验室建立自己的数据分析平台具有实践指导意义.

关键词：小RNA(small RNAs)、非编码RNA(ncRNAs)、微小RNA(microRNAs、miRNAs)内源小干扰RNA(endo-siRNAs)、小RNA高通量测序(small RNA-Seq)

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分类号：Q531;Q751;TP391(糖（醣）)

资助基金：国家自然科学基金31070276:植物不同启动子与雄配子体in-miRNA的表达关系

在线出版日期：2017-06-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：19-28