lncRNA BDNF-AS在氧糖剥夺/复氧复糖条件下的表达、定位及互作蛋白质分析

摘要：

脑缺血缺氧会引起长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达变化.为了探究lncRNA BDNF-AS在氧糖剥夺/复氧复糖条件下的表达、定位及互作蛋白质,将SH-SY5Y细胞缺氧缺糖8 h、复氧复糖24 h,构建氧糖剥夺/复氧复糖细胞模型;采用CCK-8(Cell Counting Kit-8)法检测细胞活力;采用qRT-PCR检测核质中lncRNA BDNF-AS表达水平;利用pull-down和质谱技术对lncRNA BDNF-AS互作蛋白质进行鉴定;利用基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析互作蛋白质的功能及参与的通路;利用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用网络.结果显示:氧糖剥夺/复氧复糖条件下,lncRNABDNF-AS表达量显著升高,且胞质表达量显著高于胞核;氧糖剥夺/复氧复糖组有120种蛋白质可能与lncRNA BDNF-AS存在潜在的相互作用.进一步的生物信息学分析表明,lncRNA-BDNF-AS可能与UBA52、NKAP、TBK1、RAB1A、RPL38等蛋白质存在互作关系.综上可知,lncRNA BDNF-AS可能通过绑定自噬和凋亡相关蛋白质影响神经细胞功能.

关键词：lncRNABDNF-AS、脑缺血、氧糖剥夺/复氧复糖(OGD/R)、互作蛋白质

所属期刊栏目：27

分类号：Q752;R743.3(分子遗传学)

资助基金：国家自然科学基金;湖南省教育厅科学研究项目;湖南省教育厅科学研究项目;湖南省卫计委科学研究项目;长沙市杰出创新青年培养计划;长沙市杰出创新青年培养计划;湖南省应用特色学科资助项目

在线出版日期：2023-04-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1-8