酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验验证

摘要：

核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用.前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好地预测了核小体占据率.利用该理论模型,以1 bp碱基为步长、147 bp碱基为窗口,用该算法计算了酵母1号、3号、14号染色体上核小体形成能力强、中、弱各3条长度为147 bp的DNA序列,将这些片段克隆到重组质粒中,大量扩增回收9条标记biotin分子的目的序列.同时分别表达纯化了组蛋白H2A、H2B、H3和H4,复性后装配形成组蛋白八聚体结构.利用盐透析方法将9条DNA序列在体外组装形成核小体结构,经biotin标记检测后计算了反应过程的吉布斯自由能,对比了9条目的序列形成核小体的亲和力大小.研究发现,9条序列中有5条序列与理论预测完全符合,4条序列与理论预测不完全一致.实验结果与该算法预测的核小体定位结果基本一致,表明该理论模型能够有效预测酿酒酵母基因组核小体占据水平.

关键词：酿酒酵母、核小体定位、位置权重矩阵、盐透析法、体外实验

所属期刊栏目：18

分类号：Q751(分子遗传学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目61072129;内蒙古自然科学基金资助项目2013MS0514

在线出版日期：2014-04-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：21-27