大肠杆菌内源性转录终止子的支持向量机预测方法

摘要：

内源性转录终止子的计算预测是基因转录调控研究的重要内容,但当前方法的预测特异性偏低.在深入分析大肠杆菌内源性终止子中RNA发夹结构和多聚胸腺嘧啶区域等特征信号的基础上,为内源性终止子建立了一个由5个特征变量组成的包含序列组分、局部构象和能量分布信息的特征集,并根据此特征集实现了一种基于支持向量机的内源性终止子计算预测方法.针对大肠杆菌内源性终止子数据集和编码区阴性对照集的六重交叉验证测试证实了预测方法的有效性,对已知数据的预测平均正确率达到了99.4％.在对大肠杆菌全基因组限定范围内的搜索中,该预测方法可以成功地识别出绝大多数已知内源性终止子,与其他几种常用方法相比,预测结果总数大幅度减少,预测的特异性有了明显提高.

关键词：转录终止、内源性终止子、RNA发夹结构、多聚胸腺嘧啶区域、支持向量机

所属期刊栏目：16

分类号：Q615(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金60471003

在线出版日期：2013-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：471-478,495