基于混沌游走方法的Rh血型系统中RHD基因的分析

摘要：

利用基于经典HP模型的蛋白质序列混沌游走方法(chaos game representation,CGR),给出了RHD基因的蛋白质序列CGR图,可视作蛋白质序列二级结构的一个特征图谱描述,对临床上的血型鉴别有一定的参考价值.另外,还根据由Jeffrey在1990年提出的描绘DNA序列的CGR方法,给出了RHD基因的DNA序列的CGR图,并且根据RHD基因DNA序列的CGR图算出了RHD基因相应的马尔可夫两步转移概率矩阵.从概率矩阵表可以看出RHD基因对编码氨基酸的三联子的第3个碱基的使用偏好性.

关键词：混沌游走方法、RHD基因、经典HP模型、马尔可夫模型、概率矩阵

所属期刊栏目：13

分类号：O15;TP391;Q617;R33(代数、数论、组合理论)

资助基金：江南大学创新团队发展计划

在线出版日期：2010-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：408-412