基于生物信息学筛选胃癌预后生物标志物

摘要：

目的 利用生物信息学技术筛选胃癌临床预后相关生物学标志物.方法 在TCGA数据库下载胃癌的临床资料和mRNA的表达数据,利用R软件和Bioconductor软件筛选差异基因,利用GO分析和KEGG富集分析差异基因,以及蛋白互作网络分析进一步确定核心差异基因,并分析上述核心差异基因在胃癌患者中的生存分析以及在临床分期中的表达差异.采用火山图和热图进一步确定相关基因对转录组的影响程度.结果 COL1A1和COMP基因低表达的胃癌患者生存预后明显好于高表达组.在基于胃癌分期的亚组分析中,虽然COL1A1和COMP的转录水平在Ⅰ期和Ⅱ期内表达差异不明显,但是Ⅲ期和Ⅳ期胃癌患者中COL1A1和COMP的转录水平高于健康人群.此外,火山图与热图提示与COL1A1和COMP基因正相关的主要富集在细胞聚集功能方面.结论 本研究揭示了COL1A1和COMP在胃癌中的表达差异和潜在的调控网络,为进一步研究COL1A1和COMP在癌变过程中的作用奠定了基础.肿瘤患者中的COL1A1和COMP的表达差异有望作为胃癌潜在的预后指标.

关键词：胃癌、TCGA数据库、生物标志物、生物信息学、COL1A1、COMP

所属期刊栏目：36

分类号：R735.2;R543.3;TP311.131

资助基金：国家自然科学基金82071033

在线出版日期：2023-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：95-103