基于蛋白质互作网络挖掘结直肠癌致病基因

摘要：

结直肠癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一,死亡率居发达国家恶性肿瘤死亡率的第3位.本文通过生物分析进行结直肠癌致病基因的识别.首先,基于GEO中GSE9348基因表达数据集,利用R语言的LIMMA包筛选出 P ＜ 0 .05 ,Fold change ＞ 2的结直肠癌差异基因339个;其次,基于OMIM数据库中已知结直肠癌的致病基因和STRING数据库,获得差异表达基因与致病基因的蛋白质互作网络;接着利用Cytoscape软件的ClusterONE插件进行蛋白质互作网络模块分析,获得一个含有53个基因的子网络;最后,通过对子网络的拓扑分析,获得了FOS 、CCND1 、CEBPB 、EGR1和NOS3等5个新结直肠癌致病基因.同时,通过功能富集分析和文献挖掘对新发现的致病基因进行验证.

关键词：结直肠癌、蛋白互作网络、聚类分析、网络拓扑分析、功能富集分析

所属期刊栏目：33

分类号：TP391;O29(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金11371174;国际科技合作研究2011DFR 70500

在线出版日期：2018-10-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：654-661