蛋白质-配体分子对接中构象搜索方法

摘要：

分子对接是研究蛋白质-配体分子间相互作用与识别的有效方法.分子间的相互作用过程中形成的近天然构象是结合自由能极低的构象,快速且准确搜索能量极低的构象对于蛋白质-配体分子对接至关重要.本文回顾了蛋白质-配体分子对接中主要的构象搜索算法,包括快速穷举搜索、启发式搜索和其他搜索方法,并列举了采用不同搜索算法的代表性分子对接软件.其次,介绍了蛋白质-配体分子对接的国际评估实验、常用的测试标准库和评价的重要指标.最后,分析并指出了当前蛋白质-配体对接构象搜索方法所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.

关键词：蛋白质-配体相互作用、构象搜索方法、分子对接

所属期刊栏目：33

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：NSFC-广东联合基金第二期超级计算科学应用研究专项资助项目;国家自然科学基金11647146,81603152;江苏省六大人才高峰2016-XYDXXJS-020;江苏省产学研前瞻BY2016030-06;常州市应用基础研究计划CJ20160016;江苏省研究生科研与实践创新计划SJCX17_0747;江苏省研究生科研与实践创新计划SJCX17_0748

在线出版日期：2018-10-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：586-594