hsa-miR-34a在肿瘤中的表达及生物信息学分析

摘要：

目的 分析人微小RNA-34a(hsa-miR-34a)在不同肿瘤中的表达情况,预测其靶基因,并分析其生物学功能、作用机制.方法 通过miRBase数据库获得序列,分析hsa-miR-34a在人类基因组中的位置及其物种间的保守性.通过TargetScan、miRWalk、miRDB和mirDIP数据库预测hsa-miR-34a的靶基因并取交集,通过TiGER数据库分析所得靶基因集在人体不同组织中的表达情况.利用PANTHER和DAVID在线工具对hsa-miR-34a的靶基因进行基因本体论(GO)富集分析和REACTOME信号通路富集分析.采用STRING数据库构建hsa-miR-34a的靶基因对应蛋白质的互作网络.结果 hsa-miR-34a在乳腺癌、前列腺癌、膀胱癌等肿瘤中表达显著降低.编码hsa-miR-34a的基因序列在不同物种间具有高度保守性.共获得225个靶基因,采用Target Score功能排序后取前30个靶基因.hsa-miR-34a各靶基因在不同组织间的相对表达量差异均无统计学意义(P>0.05).GO富集分析结果显示,hsa-miR-34a靶基因集中表达于网格蛋白囊泡和囊泡膜及其物质转运、多细胞生物过程和发育、神经系统发生和发育、解剖结构发育等.REACTOME生物通路富集分析结果显示,hsa-miR-34a靶基因集中富集于B型和G型肉毒杆菌毒素毒性、信号素4D(Sema4D)介导的细胞黏附和迁移抑制、神经递质的合成和释放等生物信号通路.根据蛋白质互作网络对靶基因重新进行排序,排在前5位的蛋白质对应的靶基因分别为SYT1、VAMP2、MET、RRAS、CACNA1E.结论 hsa-miR-34a与多种肿瘤的发生、发展有关,分析靶基因及其生物学功能,可为后续的临床和基础研究提供参考依据.

关键词：微小RNA-34a、生物信息学分析、肿瘤、靶基因、功能富集、信号通路富集

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分类号：R446.7(诊断学)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;上海市青年科技英才扬帆计划;复旦大学附属华山医院科研启动基金

在线出版日期：2022-09-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：657-663