lncRNA SNHG5对人类下咽癌细胞转录组学的影响及意义

摘要：

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)SNHG5对人类下咽癌细胞株FaDu转录组学的影响.方法 构建rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒和rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒,将感染rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒的FaDu细胞作为rLV-SNHG5组,将感染rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒的FaDu细胞作为rLV组.筛选差异基因集并进行基因转录能力、基因本体(GO)功能、京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路、Reactome通路、疾病本体(DO)功能分析.结果 rLV-SNHG5组SNHG5相对表达量显著高于rLV组(P<0.01).基因差异分析共筛选出1070个差异表达的基因,其中表达上调537个、表达下调533个.表达上调居前10位基因分别为LCP1、NT5E、CTGF、AXL、AKAP12、PXDN、THBS1、4-Mar、TMEM200A和RIPOR3,表达下调居前10位基因分别为PKP1、SERPINB13、KLK10、AC011473.4、NOTCH3、CA2、EGLN3、SLC6A8、KRT4和VAV3.功能分析结果显示,SNHG5改变了FaDu细胞部分基因的转录能力、参与调控GO功能、KEGG信号通路、Reactome通路和DO功能.结论 SNHG5对FaDu细胞的转录组学有一定的影响.

关键词：小核仁RNA宿主基因5、长链非编码RNA、转录组学、下咽癌

所属期刊栏目：37

分类号：R393

资助基金：上海市普陀区重点专科耳鼻咽喉科资助项目2016zk105

在线出版日期：2022-05-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：281-287