基于GEO数据库分析脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征患者血免疫细胞及基因芯片数据

摘要：

目的 通过生物信息学方法分析Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)的芯片表达数据,观察外周血免疫细胞变化,鉴定差异表达基因(differential expressed gene,DEG),探索脓毒症相关ARDS患者的免疫系统变化及关键作用基因.方法 从GEO数据库GSE32707下载脓毒症相关ARDS患者的数据信息.应用CIBERSORT得到每个样本的22种免疫细胞的含量矩阵,分析第0天、第7天脓毒症及脓毒症相关ARDS患者外周血免疫细胞组成的变化.利用R软件筛选第7天脓毒症及脓毒症相关ARDS患者DEG,经基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析判断参与ARDS病情进展的重要信号途径,使用蛋白互作网络获得核心基因.结果 第 0 天脓毒症相关ARDS患者的免疫细胞分布并没有明显区别,第 7 天脓毒症相关ARDS患者外周血里CD8+T淋巴细胞比例明显下降(P=0.009),中性粒细胞比例明显升高(P=0.022).经多种算法取交集的方法共获得RPL5、EIF4A2、RPL15、EIF3E、SRP9、HSP90AA1、RBM25这7个核心基因参与脓毒症相关ARDS病情进展.结论 随着病情进展,脓毒症相关ARDS外周血免疫细胞组成,相关基因调控会发生显著变化,其中7个关键基因可能在其中发挥重要作用.

关键词：急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、基因数据库、免疫细胞、核心基因

所属期刊栏目：50

分类号：R563;Q786(呼吸系及胸部疾病)

在线出版日期：2023-09-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：509-516,525