人NPTX1相关H3K27ac富集的非保守性增强子鉴定

摘要：

目的 探索和鉴定人NPTX1相关H3K27ac富集的非保守性的增强子,完善NPTX1相关调控区的注释,为NPTX1相关疾病及非编码区突变的研究提供相应的理论基础.方法 从CistromeDB数据库下载和分析涉及7种组织的39个H3K27ac ChIP-seq数据,选择NPTX1两侧100 kb范围内的峰.通过ECR浏览器分析各片段在人、小鼠和斑马鱼之间的序列保守性.将相应DNA片段插入双荧光素酶验证载体中,在人神经源细胞系SH-SY5Y和人肾源细胞系293T行双荧光素酶实验,以检测增强子活性.结果 分析获得5个H3K27ac富集片段,各片段在人、小鼠和斑马鱼之间DNA序列不保守.NPTX1-E1-P在SH-SY5Y中双荧光素酶活性比值明显高于阴性对照组,但在293T细胞中其增强子活性下降约40%.结论 NPTX1附近的H3K27ac富集片段中,NPTX1-E1-P在人神经细胞系SH-SY5Y中具有增强子活性,且在物种间序列保守性低.相对于人神经源细胞系SH-SY5Y,其在人肾源细胞系293T中增强子活性下降.

关键词：NPTX1、增强子、染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)、H3K27ac

所属期刊栏目：50

分类号：R34(人体生物化学、分子生物学)

在线出版日期：2023-09-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：487-493,501