一种高通量自动化血浆miRNA文库构建方法及其跨批次性能评估

摘要：

目的 建立一种适用于低起始量血浆样本的高通量(96样本/批次)、自动化miRNA文库构建方法,并系统评估该方法的可靠性与跨批次一致性.方法 基于PerkinElmer公司的NEXTFLEX?small RNA-seq试剂盒和Sciclone?NGSx液体工作站,建立自动化miRNA文库构建方法.制备3类血浆参考物质(分别来自健康男性、健康女性和糖尿病患者)模拟临床血浆样本,并使用自动化建库方法进行4个批次文库构建实验.从miRNA检出种类、绝对定量、不同样本间相对定量及差异表达分析等层面评估方法性能及跨批次一致性.结果 miRNA检出种类一致性:批次内和批次间并交比(Jaccard index)分别为0.61和0.62;miRNA表达水平绝对定量一致性:批次内和批次间Pearson相关系数平均值均为0.96;两个不同样本间相对定量水平在不同批次间的相关系数平均值为0.74,且超过60％的差异表达miRNA可在多个批次中检出.结论 本研究建立了一种高通量自动化血浆miRNA文库构建方法,具有良好的批次内性能和跨批次一致性,可用于大型队列血浆miRNA文库构建实验.

关键词：二代测序、miRNA测序技术(miRNA-seq)、文库构建、性能评估、跨批次一致性

所属期刊栏目：49

分类号：R-331(医学研究方法)

资助基金：上海市科技重大专项2017SHZDZX01

在线出版日期：2022-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：425-434