多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突

摘要：

目的 探讨多重PCR靶向富集结合高通量测序技术在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中检测错配修复(mismatch repair,MMR)基因种系突变的应用.方法 收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因组DNA;设计和优化寡聚核苷酸探针,使其能对5个基因MLH1、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73个外显子序列进行有效的PCR扩增和富集;应用多重PCR技术靶向富集样本MMR基因的外显子序列;扩增产物进行文库构建和高通量测序,检测MLH1、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突变情况.结果 31个样本共得到2.7Gb的数据,平均reads数为287 048,测序数据中平均82.18％可与参考序列进行比对,外显子序列平均覆盖度为99.9％,平均测序深度为2 282.在MMR基因的外显子区域共发现13种非同义单核苷酸变异(single nucleotide variation,SNV)、2种同义SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R为未见报道SNV.检测结果经Sanger法测序验证,结果一致.结论 多重PCR靶向富集结合高通量测序技术是一套通量高、速度快、费用低、准确性高的MMR基因突变筛查方法.

关键词：错配修复基因、Lynch综合征、靶向富集、高通量测序

所属期刊栏目：43

分类号：R735.3;Q781(肿瘤学)

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划项目2012CB316501;国家高技术研究发展计划863计划项目2012AA02A602;国家自然科学基金31271409,31401128;the National Key Basic R&D Program of China973 Plan,2012CB316501;the National Key Technologies R&D Program of China863 Plan,2012AA02A602;the National Natural Science Foundation of China31271409,31401128

在线出版日期：2016-07-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：205-210