卡介苗生产用菌株全基因组测序

摘要：

[目的]对我国生产用卡介苗上海D2PB302菌株(简称"卡介苗上海D2株")全基因组进行测序及部分基因功能预测.[方法]取卡介苗上海D2株(编号D2-JIA12-1)样品DNA,采用第三代测序平台PacBio RS Ⅱ进行全基因组测序,并结合二代测序数据得到最终的基因组序列.对基因序列分别进行rRNA预测和tRNA预测,对预测的基因进行基本的功能注释,并选取其中肺内表达结核分枝杆菌(MTB)在小鼠体内感染过程中高表达编码(IVE-TB)抗原基因序列、减毒结核分枝杆菌疫苗(MTBVAC)作为目的序列与结核分枝杆菌H37Rv序列(NC_000962.3)比对.[结果]卡介苗上海D2株基因组序列长度为4045232 bp,GC含量为65.66%.Glimmer3.02软件共预测出4259个基因,基因的平均长度为933 bp,其中1783个基因是假定蛋白,其余2476个基因具有明确的生物学功能,与毒力基因库比对后得到144个毒力基因,包含29个Ⅶ型分泌系统基因,10个N端具有保守的脯氨酸-谷氨酸(PE)和脯氨酸-脯氨酸-谷氨酸(PPE)序列的蛋白质家族基因.[结论]明确了卡介苗上海D2株全基因序列的背景资料,并为后续开展主要抗原基因的遗传稳定性检测奠定了广泛的基础.

关键词：卡介菌D2PB302株、IVE-TB抗原、减毒结核分枝杆菌疫苗、全基因组测序

所属期刊栏目：35

分类号：R186(流行病学与防疫)

在线出版日期：2023-07-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：213-218