10.12287/j.issn.2096-8965.20230111
卵巢癌关键基因的筛选及其与免疫细胞浸润的相关性分析
目的 利用生物信息学方法筛选卵巢癌(Ovarian Cancer,OV)关键基因并分析及其与免疫细胞浸润的相关性.方法 从GEO检索并下载3组OV数据集,通过GEO2R在线分析工具筛选出OV组织中差异基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),并利用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;使用STRING数据库分析出DEGs的PPI网络后,再把结果导入Cytoscape软件,利用其中的CytoHubba插件提供的MCC算法最终得到排名前十的关键基因;然后利用Kaplan-Meier Plotter数据库和GEPIA对关键基因进行生存分析和共表达分析,得出相关性最高的一组基因再分析其mRNA和蛋白表达情况;最后利用TISIDB数据库探讨关键基因与OV免疫细胞浸润之间的关联.结果 本研究共得到161个DEGs,其GO功能主要与细胞对转化生长因子β刺激的反应、P53类介导的DNA损伤反应及因信号转导造成的细胞周期阻滞和蛋白激酶结合等相关;KEGG通路主要富集在癌症通路、P53信号通路、补体和凝血级联以及PI3K-Akt等信号通路上.通过Cy-toscape筛选的10个关键基因中,仅CCNB1、HM MR、KIAA0101、AURKA、CEP55、ECT2和TOP2A对OV患者预后有显著影响,而其中CCNB1和AURKA在OV中表达相关性最高,且其mRNA和蛋白均高表达,并不利于患者预后;CCNB1与AURKA的表达与Th2细胞、Act-CD4细胞的表达丰度呈正相关,与嗜酸性粒细胞呈负相关.结论 CCNB1和AURKA是OV的关键基因,且与OV微环境中免疫细胞相关,可作为OV的早期确诊和治疗生物标志物.
卵巢癌、差异表达基因、免疫浸润、预后
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R737.31(肿瘤学)
蚌埠医学院大学生创新创业项目;蚌埠医学院自然科学研究重点项目;教育部卓越工程师教育培养计划项目产学合作协同育人项目
2023-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
84-92
